Carpe's Garden

ERROR

Parse error for this part of the blast XML document: Error on line 1042356: The entity name must immediately follow the ‘&’ in the entity reference.

When I use diamond replacing blast to search NR database, the result with xml format can’t be parsed by blast2GO. Aftering see this page, I got it soloved.

display error

Display command in linux might be used often if you are using a linux/unix remote terminal on a windows or MacOS system.

If you want to displat an image on remote host into local host, you must install xQuartz to MacOS or Xming to windows, and with ImageMagick installed in remote linux system.

Background

Circos is a very useful data visualization tool for genome or other genetic data. However, installing circos process is not easy for a bioinofmatics beginner or person without much coding knowledge. Circos depends many perl modules, like:

circos 图可以通过plot中的text功能增加基因名称或者注释文字，这是一个非常常用的功能，最近我在画一个线粒体基因组的circos图的时候，发现一直有基因名称显示不全，调试了很多版本和参数，都没有解决。后来通过仔细阅读官网的例子，发现有一个参数: label_snuggle , 需要将这个参数设置为’yes’这样的话可以在相近的文字有可能重叠的时候将他们分开，通过连线的方式将文字向外...

从今天走到明天我和黑夜在不同的世界里穿行两颗明亮的星星如影随形一颗风的灵感带着急迫击中了我 一瞬间的灵光乍现来不及回味上一秒的思绪我将其紧紧的封锁在一个包裹中悄悄的邮寄给你我想这样做 但即使是最快的快递也不能瞬间抵达，当然既然没有超自然的神力效劳那将他们吹向风中又何妨 远在千里的你是否闻到风中的气息看到两颗星的凝望

你若问我有没有对象我作如是答：我是Python的函数 hahaha~~~~

没有人能逃离这弯曲，就像没人可以跌落到天空，我们终极一生都在巨大的波浪里徜徉，即使是奋力的活着，也不会有任何波澜，重生的粒子也难寻前世的夙愿。多么可怕的寂静，没有了我，海洋依然平静，没有了你，我的曲率为零。

漂洋过海的飞机像一间巨大的婴儿室黑暗中等待新生奇怪的是这里的孩子从来不哭 将你的耳朵托运吧在登机之前哦，不！要留一只听空姐美丽的声音 在夜间的国际航班上，我专门要了一个靠边的座位以便伸出腿来，能勉强有个短暂的睡眠，但我并没有睡着，我被昏暗的灯光吸引，我探出头去打量周围的乘客，他们看起来睡得都很安详，身边不时有空姐走过，查看乘客的需要，这多么像一个大的婴儿室，只是特别的安静

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当风吹进墨里石头也被吹成了柔软雨水都往天上去了蝌蚪儿整齐的的码在泥潭中似乎在等待电影的开场