circos-text-incomplete

Title: circos-text-incomplete
Author: Chentao Yang
Created at: 2018-07-29 23:31:54
Updated at: 2023-10-25 11:56:14
Link: https://comery.github.io/2018/07/30/circos-text-incomplete/
License: This work is licensed under <a class="license" target="_blank" rel="noopener" href="https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/deed.zh">CC BY-NC-SA 4.0 .

circos 图可以通过plot中的text功能增加基因名称或者注释文字，这是一个非常常用的功能，最近我在画一个线粒体基因组的circos图的时候，发现一直有基因名称显示不全，调试了很多版本和参数，都没有解决。后来通过仔细阅读官网的例子，发现有一个参数: label_snuggle , 需要将这个参数设置为’yes’这样的话可以在相近的文字有可能重叠的时候将他们分开，通过连线的方式将文字向外延伸。
比如下面的两个例子。

example 1

example1

example 2

example2
配置文件中增加：

label_snuggle         = yes
max_snuggle_distance  = 1r
snuggle_tolerance     = 0.25r
snuggle_sampling      = 2

当然还有另外一种方法，那就是减小文字大小，当文字足够小就不会相互重叠了。

顺便安利一波自己写的脚本，可以根据注释好的genebank文件直接画circos图，包含基因结构，GC含量，以及深度信息（如果有给出深度信息）。链接地址