Carpe's Garden

2024年10月17日晚，天气多云，能看到满月， 纪念在时空楼顶与杨老师畅聊3个小时，受益良多。

想要在某个领域有创新性的研究进展，重点在于人，必须要有高水平的人才，至少是需要有潜力成为高水平人才的学生，这是充分条件。还要看他的热情，这决定了实现的快慢，两者缺一不可。 对于当前项目组的思考，一是要更高的要求和定位，二是要不断吸纳优秀的人才和大脑。

昨夜我去找一个那时的你，你就站在那里， 无名的路和无名的人的旁边，怪那顶帽子不太显眼，只遮了你的额头小半，隐约是有些黑吧，我可不是在说你的坏话，还有一点白，像刚从厕所回来的路上。 我在一个天色渐暗的巷子里，把领口的拉链拉的很高，差点夹到了下巴，唯一的缝隙里面有牦牛的气息，你回头问我，是不是当过兵，我抬头，给你看抬头纹里面塞满的疑惑，脑袋快速闪过西个画面，一个黑炭头和一个歪斜的排头兵。 夜见四...

最近想写一个对投递到集群上面的任务监控的脚本，以方便多个任务批量操作并且可以整合到一个现有的流程里面。所有的集群任务管理系统是slurm， 其中有一个步骤是获取所有任务的运行状态，但开始总是获取不到任务的状态，会直接返回----------字符串，表示没有获取到这个任务，我尝试了以下三种写法都不能解决问题： 1234567891011121314151617181920cmd = f&quo...

直接用prefix指定自己的安装目录1234567# 非root 用户可以直接用以下命令安装wget https://www.python.org/ftp/python/3.10.2/Python-3.10.2.tar.xztar -Jxvf Python-3.10.2.tar.xzcd Python-3.10.2./configure --prefix=/home/yourname/py...

比较基因组学工具，用来可视化多基因组（跨物种/不同个体）比对信息，或者是基因的共线性信息。 Reading materials Whole-Genome Alignment 聊聊基因组共线性 geneCo: a visualized comparative genomic method to analyze multiple genome structuresweb: ht...

也不知道公司的集群为什么就开始使用双向验证的，自从有了这东西，每天到公司除了打开电脑，输入ssh的快捷键，输入密码之后，就得掏出手机看看验证码，有时候要是眼花还得多输几遍，真是欲哭无泪，太tm浪费时间了， 上传下载文件更是如此，长此以往，记数字的能力都给提高了，记忆力都被迫营业了。 不过活人总不能被尿给憋死，上周师弟分享了一个expect语言交互式登录的方法，今天有空来试一下，试完感觉是： ...

科研合作经常面临的一个问题是，需要及时的共享数据，对于不涉及太大数据的人来说，一个百度云盘或者谷歌drive就搞定了，但是对于做生物信息分析的，很多时候需要分享的是bam，fastq一类的文件，小则几百G，大到上T的数据，想想都头疼。不过这个问题也不难解决，搭建一个ftp就可以实现数据传输，尤其是和其他国家的合作者。 最近就遇到这个情况，当然这里并不是分享如何搭建FTP了，而是讲讲数据传输时...

期待我们是相隔一岸的即使只是楼宇之间我发出了一只可以收回的箭希望你无意间的一瞥可以辨认出它曲折的忧伤当所有洪水再也压抑不住请让我漂浮在这洪流中浪花踏下每一次昂首遥望

1. prepare a phylogenetic tree with fossil evidence timeThe first line contains: species number(Tab)fossil record number example:18 1((((((((((((PET,(((PEFU,PN),PEFC),PEEL)),PEE),PT),PO),PF),PC1...